На фото — фрагмент генетического заключения, описывающий выявленную вариацию числа копий генов (CNV). Ниже — разбор данных и их клиническое значение.
Что обнаружено
По данным анализа покрытия (read depth) при секвенировании выявлена гетерозиготная делеция (потеря одного из двух аллелей) на хромосоме 15:
Локализация: участок 30 560 286–32 451 659 (по референсной сборке генома, вероятно, GRCh37/hg19).
Размер: 1 891 373 пар нуклеотидов (п. н.).
Затронутые гены: 3 гена, включая FAN1 — ген, аннотированный в базе OMIM.
Что значит «делеция сегмента»
Делеция — это утрата фрагмента ДНК. В данном случае речь о микроделеции: она слишком мала, чтобы её можно было увидеть в обычный световой микроскоп при классическом кариотипировании, но хорошо детектируется методами NGS (секвенирование нового поколения) и ХМА (хромосомный микроматричный анализ) за счёт снижения покрытия (количества прочтений) на этом участке
.
Поскольку делеция гетерозиготная (затронута только одна копия хромосомы 15), у пациента остаётся одна рабочая копия каждого из трёх генов. Для одних генов этого достаточно для нормальной функции (гаплодостаточность), для других — нет (гаплонедостаточность)
.
Значение гена FAN1
FAN1 (Fanconi anemia-associated nuclease 1) кодирует нуклеазу, участвующую в репарации ДНК, особенно в устранении межнитевых сшивок. Мутации в FAN1 ассоциированы с кариомегалическим интерстициальным нефритом (Karyomegalic Interstitial Nephritis, KIN; OMIM #615875) — редким аутосомно-рецессивным заболеванием почек
.
Ключевые особенности KIN:
Тип наследования: аутосомно-рецессивный. Болезнь развивается при наличии патогенных вариантов на обеих копиях гена (гомозиготность или компаунд-гетерозиготность).
Патогенез: дефект репарации ДНК → повреждение клеток почечных канальцев → интерстициальный нефрит, кариомегалия (увеличение ядер клеток) → прогрессирующая почечная недостаточность.
Возраст дебюта: обычно третий десяток лет, но возможны вариации.
Прогноз: прогрессирующее течение, риск терминальной стадии ХБП до 50 лет
.
Важное уточнение по вашему результату: выявлена делеция одной копии FAN1, а не биаллельные мутации. Это не подтверждает диагноз KIN, но может означать, что пациент — носитель патогенного варианта. Риск для самого пациента минимальный, но важно учитывать при планировании семьи
Я
Алиса
На фото — фрагмент генетического заключения, описывающий выявленную вариацию числа копий генов (CNV). Ниже — разбор данных и их клиническое значение.
Что обнаружено
По данным анализа покрытия (read depth) при секвенировании выявлена гетерозиготная делеция (потеря одного из двух аллелей) на хромосоме 15:
Локализация: участок 30 560 286–32 451 659 (по референсной сборке генома, вероятно, GRCh37/hg19).
Размер: 1 891 373 пар нуклеотидов (п. н.).
Затронутые гены: 3 гена, включая FAN1 — ген, аннотированный в базе OMIM.
Что значит «делеция сегмента»
Делеция — это утрата фрагмента ДНК. В данном случае речь о микроделеции: она слишком мала, чтобы её можно было увидеть в обычный световой микроскоп при классическом кариотипировании, но хорошо детектируется методами NGS (секвенирование нового поколения) и ХМА (хромосомный микроматричный анализ) за счёт снижения покрытия (количества прочтений) на этом участке
.
Поскольку делеция гетерозиготная (затронута только одна копия хромосомы 15), у пациента остаётся одна рабочая копия каждого из трёх генов. Для одних генов этого достаточно для нормальной функции (гаплодостаточность), для других — нет (гаплонедостаточность)
.
Значение гена FAN1
FAN1 (Fanconi anemia-associated nuclease 1) кодирует нуклеазу, участвующую в репарации ДНК, особенно в устранении межнитевых сшивок. Мутации в FAN1 ассоциированы с кариомегалическим интерстициальным нефритом (Karyomegalic Interstitial Nephritis, KIN; OMIM #615875) — редким аутосомно-рецессивным заболеванием почек
.
Ключевые особенности KIN:
Тип наследования: аутосомно-рецессивный. Болезнь развивается при наличии патогенных вариантов на обеих копиях гена (гомозиготность или компаунд-гетерозиготность).
Патогенез: дефект репарации ДНК → повреждение клеток почечных канальцев → интерстициальный нефрит, кариомегалия (увеличение ядер клеток) → прогрессирующая почечная недостаточность.
Возраст дебюта: обычно третий десяток лет, но возможны вариации.
Прогноз: прогрессирующее течение, риск терминальной стадии ХБП до 50 лет
.
Важное уточнение по вашему результату: выявлена делеция одной копии FAN1, а не биаллельные мутации. Это не подтверждает диагноз KIN, но может означать, что пациент — носитель патогенного варианта. Риск для самого пациента минимальный, но важно учитывать при планировании семьи