Во первых, если планируете брать квартиру ещё, то делаете нотариальное согласие на покупку квартиры, чтобы у вас осталось ещё право на семейную ипотеку, т.к. можно воспользоваться раз в жизни, либо гасить предыдущую и рожать ребенка.
Второе, если не планируете брать ещё ипотеку, тогда сразу выделить минимальную долю детям в соответствии с размером мат капитала, а у вас с супругом общесовместная собственность. НО не все банки так работают- Сбер и ВТБ точно.
Так будет меньше проблем с продажей, если решите.

Ничего не надо. После погашения кредита нужно будет все сделать как выше написали

У нас точно такая же ситуация, как у Вас была и выше Вам всё верно написали. До погашения ипотеки квартира ведь находится в залоге у банка. После погашения ипотеки нужно обязательно выделить доли всем членам семьи. Только вот не знаю, правда или нет, но мне муж сказал, что он, как собственник, может выделить доли не в равных частях, а ребёнку больше, а мне меньше. Либо вообще взять с меня согласие на отказ от своей доли и разделить её в равных частях между собой и ребёнком.

Ничего не надо. Недвижимость по закону общая. Доли выделяются после погашения ипотеки