Если плачет пока не разбудите возможно - зубы. Попробуйте давай дантинорм/нурофен на ночь, посмотрите как утром будет, у меня тоже так ребенок плакал, но бывало и ночью плакал.

Пересмотрите режим, возможно не хватает давления сна, много днем спит и утром уже вошкается, но спать хочет и не может.