Я со своим ходила в музей гигиены и это один из немногих музеев, которые ему понравились

Эрмитаж конечно хорош. Однако мой сын не только не оценил прогулку в 6 лет, а ещё и плохо стало от духоты. Летом в эрмитаже вентиляция не справляется со своей задачей.
Обратите внимание на планетарий на обводном, программы на разный возраст. Зрелища нереальные и познавательные одновременно.

Я бы выбрала Эрмитаж. Там есть залы, которые будут интересны мальчикам( зал рыцарей, египетский). Но вот я сомневаюсь, что в этом возрасте им это будет интересно), но попробовать стоит). Посмотрите еще музей землеведения, музей гигиены, зоологический

Я бы в эрмитаж отвела.