Вам больничный был выплачен на тот период на который выдан больничный листок по беременности и родам. Соответсвенно с вас должны будут удержать ту сумму на который был сокращён больничный.
А так это не запрещено законодательно в принципе. Просто пишите заявление на работе о досрочном выходе из отпуска по бир, и пишите заявление на отпуск по уходу за ребёнком