Заключаете соответствующий договор с застройщиком, в котором будет прописан порядок оплаты по данному договору. соответственно, если у вас наличкой часть денег, а часть гасите маткапиталом, то прописываются данные условия в договоре. после регистрации договора в росреестре, вы уже обращаетесь в сфр с заявлением о перечислении средств мат капитала по договору застройщику