По симптомам. Вирусные обычно начинаются с подъёма температуры, лёгкий кашель и насморк или их отсутствие, покраснение горла без гнойничков на миндалинах.
От вирусов нет лекарств, они как резко начинаются, так и проходят через неделю примерно.
Бактериальные обычно присоединяются к вирусным на фоне ослабленного иммунитета

Нужно сдать общий анализ крови