У прогестерона смысл такой, что пока вы его пьете - окей, а когда отменяете препарат, месячные начинаются. Так что если вы его пьете еще - то так и должно быть, когда допьете все и отмените, месячные начнутся.
Если уже закончили пить, то такое тоже может быть, скоро начнутся, не переживайте.