Может, из-за разной термической обработки? Кус-кус же очень быстро готовится, можно и просто кипятком залить, белки в составе могут не успевать измениться за это время.
Это как один из вариантов

Аллергия может быть на специфические белки манной крупы, добавки в кускусе или из-за разной обработки. Макароны и кускус хоть и из пшеницы, но состав белков и технология отличаются