Как раз звонила сегодня в сфр по этому поводу. Как мне объяснили, на основном месте работы должны запросить данные по доходам по совмещению, приплюсовать их к вашим и сделать соответсвующий расчет. Можно на основном месте работы сказать, что было совмещение либо написать в сфр электронное обращение с прикреплением 2 НДФЛ от совместителя. И они сделают перерасчет. И да, даже если менее 2 лет, доход учитывается от совместителя