Договор отправляют на регистрацию, и оплачивается гос пошлина за регистрацию. Покупатель должен оплатить и отправить квитанцию нотариусу, тот прикрепляет ее и соответственно недвижимость регистрируется на нового хозяина. Вы пишите что это нежилое помещение и состоит оно из трех квартир ( в этом плане немного непонятно для меня), еслм это одно НП то платите одну гос пошлину (19240 тг), или же если в договоре 3 НП то три квитанции. Возможно пошлина не оплачивалась вообще и все осталось на продавце, но вы говорите что один объект перешел а два нет, то скорее всего надо было оплатить за три, а покупатель оплатил только за одну и цон как бы зарегал только одно НП, остальные остались на продавце. И соответственно пока висела на продавце у него возник какой-то залог (ошибочно или нет это вопрос другой). Вам нужно сходить к тому нотариусу у кого вы оформились и смотреть у него по базе как там регистрация прошла.

При покупке покупателю от нотариуса поступает уведомление о гос регистрации о том что имущество переоформлено
В этом случае продавцу надо узнать что за обременение и связаться с взыскателем (чси) и запросить документы в связи с чем обременение