Мегамаркет: бонусы при оплате картой другого банка?

Нет

Да, это бонусы сбер спасибо, они на карту сбера начисляются

Это же бонусы именно Сбера и будут на карте сьера, а не в приложении, поэтому да, если платить другой, бонусов не будет