Без анализов все это не определить, это одна из возможных версий

Восстановление микрофлоры может длится долго. И до конца не восстановится после антибиотиков, часть важных бактерий погибает навсегда, их не научились ещё синтезировать. У вас сколько уже жидкий стул?
Минимум месяц принимать пробиотики хорошие ( бывают и пустышки). И пребиотики тоже ( пища для Полезных бактерий). Например, инулин.