Не совсем понятно описали, что там было.

Когда у вас был только один ребенок, то да-для оплаты ему больничного нужно было показать, что вы не находитесь в отпуске по уходу (именно с этим ребенком).

Сейчас вашему старшему более трех лет, поэтому никто не будет с ним в отпуске по уходу. А младший отношения к старшему в данном случае не имеет. Были бы проблемы, если бы нужна была оплата больничного с младшим (при этом сам бы больничный открыли, просто не оплатят, он пригодится показать на работе что не прогулы)