Ну вообще это называется уже детская мастурбация. Не знаю как у мальчиков, но 3-х летняя племянница научилась ножки поджимать. Так вот врач, велел маме строго следить за этим и пресекать. Вроде как на дальнейшую половую жизнь влияет чуть ли не до потери функций, либидо и т.д., сексологи утверждают, что такие беды как раз из детства.
А напрягается он, потому что прикоснулся, приятно, орган напрягся (возбудился). Сын один в один делал. Знаю страшные истории, как бабушки специально это делали малышам, чтобы они не плакали. Плакать то такие дети переставали, но сейчас уже взрослые мужики с половой дисфункцией.
В общем надо присекать, но не агрессивно, чтобы не напугать. В то избавляя от одной проблемы создашь другую.
Моего подгузник останавливал, когда он оооочень активно лез. А в вашем случае может слипы на замках? Там уж точно некуда лезть.

Само пройдёт, ребёнок изучает себя

Попробуйте одевать комбинезоны, или человечки, на ночь, ну или по другому они называются кажется Слип