Один хрен по большому счету

университет готовит специалистов «на все случаи жизни». Он старается включить как можно больше разных сфер.

Академии сосредоточены на какой-нибудь конкретной области... и готовят специалистов именно для выбранной сферы.

Ну и наверное разница в квалификации преподавателей