У нас в пупке тоже в глубине чернота какая то была, блин она меня так смущала пока малая лежала спокойной иногда перекисью розмачивала и по чуть чуть убирала, а педиатр сказала если не красное без запаха то нечего туда лазить.
А меня всеравно напрягает эта хрень. И пупок тоже такой глубокий жесть.

Может краи пупа просто приклеились друг к другу..
У нас так было, за ночь склеился пуп, размачивала перекисью и раздвигала

Або сходіть до педіатра, хай він вас заспокоїть

Якщо немає запаху, почервоніння, то не переживайте, це нормально. Пуп ще пару тижнів може сочитися