С какого периода начисляется пеня после подписания акта сверки?

Правильно написали, с момента истечения срока, но пени в акте сверке нет как я понимаю? Тогда в порядке искового производства, а там могут и заявить о применении срока исковой давности.

Я бы сказала, что срок исковой давности на срок исполнения обязательств не влияет.

Поэтому пеня насчитывается с момента истечения срока на исполнение обязательств.

Но одновременно с этим мне кажется, что в судебном порядке вы с них уже ничего не взыщите. Потому что срок исковой давности в принципе прошел, вы его не прерываете актом сверки. Только если они вам доп.соглашение подпишут и укажут другой срок исполнения обязательств.