Микрофлора долго восстанавливается. Обращались к аллергологу (та же целиакия, например, может давать такие симптомы) и инфекционисту? В Москве есть институт паразитологии Марциновского, там анализ специальным образом собираешь дома в течение около 4 дней, всё показывает, если что-то есть. Я дочку обследовала так пару лет назад.