А вообще подскажите, каждый год надо подавать декларацию?
Если я через приложение Мой налог вношу чеки и там же оплачиваю просто, мне надо что-то ещё делать дополнительно?

Позвоните Вашему инспектору, там есть номер. Она ответит на все вопросы, и вообще может не нужно и приходить, а достаточно отправить уточняющий документ

Скорее всего нашли ошибку, несоответствие с программой, через которую они прогоняют иначе автоматом бы все прошло.