Будут. Если по зп до минималки не дотягиваете, то при ставке дотянут до минималки. А при 0,25 пропорционально от минималки получите, либо если по зп больше, то сколько по зп.
Например у меня девочка на работе на 0,5 ставки. По расчету зп за предыдущие два года у нее отпуск по БиР вышел 91 тыс. Если бы она была оформлена 1 ставку, то ей бы дали не 91 тыс, а 103 тыс (минималку по МРОТ), а так как у нее 0,5 ставки ей дали то, что и вышло по расчету.