@o.anatolevna смотря какой банк и условия досрочного погашения. Наймите юриста для такой сделки. Он правильно составит договор и сопроводит до момента перехода права собственности.
Если доли выделять будите то выделайте не частями дом , а именно долю стоимостью мат капитала . При продаже потом сложности возникнут , если захотите купить новый дом , придется выделять доли больше чем в предыдущем доме было