Смотря с чем связан отказ. Если вы его не устранили то без разницы где подавать.

В сфр была не помогли, выдумывать причины отказа

Если отказывают через госуслуги, то лучше подавать напрямую через сфр. Возможно и через мфц одобрят, но как показывает практика очень редко. Рискните. Люди ходят жаловаться в сфр, и то многим снова отказы приходят.