В Москве надо чтобы у всех была Московская прописка. Можно в разных районах, но обязательно Москва. Если хоть один ребенок прописан в Подмосковье, то многодетность не дадут!
Если папа, например в Подмосковье, а мама с детьми в Москве, то многодетность дадут маме с детьми. Папа не будет вписан в удостоверение, и не будет пользоваться никакими льготами.

В разных регионах может быть по разному. У меня сестре в Ульяновске отказали, т.к. дочь старшая была прописана у бабушки. Там вроде даже потом прописка в одном месте не помогла. Приходили домой проверять и видели, что старшая не живёт с родителями. Не одобрили.