Если задерживали чартерный рейс, а у вас перелет с пересадкой, пропадали билеты эконом, они же не возвратные и без обмена?
Или старались с запасом отодвинуть по времени перелет после чартера?
С чартерами всегда лотерея - их переносят часто. Если это не стыковочный рейс, то билеты, скорее всего, пропадают, но уточните в авиакомпании.
Берите оба перелета одной авиакомпании, тогда проблем в разв меньше