Это сообщение у всех выходит, просто как предупреждение. Если имеется задолженность, то она будет погашена за счёт средств вычета, а разницу зачислят на счёт.

А подскажите пожалуйста у меня так же вышло как узнать за что задолжность?

Ваш вычет за лечение будет сначала использоваться на погашение текущего долга по налогам, остаток сможете вернуть