Год назад было точно также у сына, в 10 лет, удалили молочный который мешал, и зуб аккуратно встал на место

Зуб да. У нас также эти зубы сейчас вылезли. Долго ждали.

Скорее всего да. Может быть и киста. Но вроде похоже больше на зуб. Если потрогать зуб потверже киста помягче (то есть внутри под десной либо условно кость либо гной)