Я сына так назвала, изучала этот вопрос. Даниил и Данила - разные имена. (Данил не рассматривала).
По паспорту и Крещению сын Даниил, а дома он Данила, Даник, Даня, дочка называет братика Данюшка.
Если по сути, то это 3 вариации 1 имени. Ну как Наталия/Наталья, Артемий/Артём.
Да, в словаря они могут быть приведены как разные, но суть в том, что 1 значение, смысл, просто форма написания разная из-за того, что где-то получил большее распространение вариант церковный, где-то разговорный, современный и т.д.
Для сотрудника паспортного стола или любого другого работника сферы документов - это разные имена, но в социальной среде это скорее всего будет восприниматься одним именем.
А у вас одно имя, но разные вариации