В поездах в принципе всегда проходят таможню и паспортный контроль, сидя в поезде.
По крайней мере я на поезде пересекала границу 3 стран и ни разу меня не просили выйти. Наоборот говорили сидеть строго на своём месте и ждать.

В Перемышле вроде бы только нужно из поезда выходить на таможню

Во всех поездах, направление любое, главное поездом