В первую беременность у меня был грипп, температура 39 была неделю, я пила сильнейшие антибиотики, но я не знала про беременность. Итог: врожденный порок сердца, Дмжп, мы его прооперировали в 2 года. С четвертой дочкой тоже заболела в начале беременности, но не вирусными, а щитовидка подвела, пила гормональные, с дочкой все хорошо. Так что это лотерея, не думайте слишком об этом.
Обычно первые недели беременности так и бывает (если это сезон простуд). Не переживайте. Главное правильное лечение. Не употреблять препараты не разрешенные для беременных.