В договоре купли продажи указываете порядок расчёта - какую сумму оплачиваете наличными или кредитными средствами, какую сумму мат капиталом и задаток.
После сделки, когда квартира перейдет вам в собственность, идете в мфц со всеми документами. Также в договоре должен быть указан счет продавца на который переведут деньги с мат капитала.