У вас два варианта расчета:
1) выручка-расходы (аренда, амортизация, зп сотрудников, расходники и тд), к остатку применяете налоговые вычеты, если имеются, и из этой суммы уже 20% подоходного
2) из суммы выручки просто вычитаете 20% расходов, учет затрат при этом не ведется. Затему к остатку налоговые вычеты и 20% подоходного

Разве амортизация считается в расходы?

Если купили запчасти, вызвали мастера, имеете чек/счет и работаете не с 20% от налога, а вычитаете расходы - да. Но если считаете -20% от всех доходов и это ваша прибыль, то нет, никакие запчасти, ремонты и покупка оборудования тогда не учитываются.