Если у вас первый шенген и через Варшаву только перелет и будете в основном в Чехии, то норм должно быть.
А если нет, то они могут отозвать шенген. Именно Чехия так делала мне и коллеге.. несколько лет назад.
И советую бронь билета сразу не удалять, если получили шенген на днях