Скорее в жк не внесли в базу данных откуда пфр берут эти справки сами . Человеческий фактор , попробуйте сходить в жк взять справку и подайте в самом пфр .

Может вам справку надо было предоставить в пфр что вы вовремя встали

Там же написано, «не подтвердился факт постановки на учёт». Позвоните им уточните, или позвоните врачу спросите в чем дело. Может она Вас после 12 недели оформила