Сумму пишите ту что прошла образно « по кассе!» то есть сколько пришло на счёт столько в чеке и отобразили и отправили человеке. Например торт стоит 4600 я оплатила 1600 предоплату мне и чек от неё сразу приходит на 1600! И потом делаю доплату соответсвенно приходит чек на оставшуюся сумму. Иначе вас налоговая спросит , откуда деньги на счёту до самозанятого и почему с них не уплачен налог. Они то теперь могут все видеть сами.. ну пока ещё с помощью запроса в банк , но все идёт к тому.

Вы его сами создаёте. У меня Сбербанк/своё дело/создать чек. Если приход от юрика, то вводите реквизиты и сумму поступления. От физика не знаю, но не думаю, что сложно. И сумма автоматом уйдёт в налоговую. Потом просто проверяйте когда и сколько нужно оплатить.