Как и везде, работодатель, а с них эту сумму потом в Фсзн вычитают

Если вы у ИП наемный работник, то он вам и выплачивает больничный, а на сумму больничного платит меньше взносов в фонд

Больничный всегда выплачивается из ФСЗН, просто у ИП уменьшаются на эту сумму выплаты в фонд, когда он выплатит Вам больничный. Если у ИП нет средств для выплаты, то нужно обращаться в ФСЗН, там они скажут алгоритм действий