Если у ребёнка изо рта есть запах, но зубы стараемся хорошо прочищать, то это с желудком проблемы?…

Горло, возможно

У моего когда тонзиллит обостряется запах есть

У обоих моих детей такой запах был примерно в этом возрасте, когда последние маляры выходили. Как вариант

У нас до сих пор запах, врачи без всяких анализов тупо говорят, что это или от простуды или от того, что проблемы с ЖКТ.

Скорее с носоглоткой чем с желудком. В желудке стоит клапан который не даёт выходить желудочному соку а сним и запахам. Так что если это не зубы, то носоглотка

У дочки тоже периодически запах изо рта появляется, она сказала желудок проверить🤔🤔