Через сайт налоговой можно. Там форма готовая, ничего скачивать не надо. Просто все заполняешь, фотаешь и загружаешь справку 2ндфл и ещё какие документы, если надо, подписывает электронной подписью и отправляешь. Потом так же на сайте в личном кабинете отслеживается статус.