Это не зависит от ипотеки. Если просто продали кв.сроком владения менее 5 лет, то платите налог. Если продали и сразу купили другую, то на положительную разницу будет только налог
Сначала в банк, потом либо регпалата либо в мфц с бумагой от банка. У нас в ВТБ вообще с нами представитель банка был в регпалате, когда снимали обременение