Не переживайте, со временем наладится.
Я как воспитатель если честно против таких вот долгих привыканий (бывают конечно исключения, ведь все детки индивидуальны). Ребёнок только привыкнет к одному режиму, а вы всё меняете и оставляете на дольше. Опять стресс у ребенка.
И теперь он только вроде привык ходить до обеда, а вы его на сон начали оставлять. Получается что нету стабильности, ребёнок боится, что сегодня вы придёте ещё позже чем вчера.

Я дочку отдала в частный сад в 1,5. С понедельника по четверг ходили до обеда, в пятницу уже на сон оставила. И с тех пор ходим на весь день, с 8 до 18.
Тоже конечно плакала первые месяцы по утрам, но сейчас всё Окей. И то, зависит от ситуации. Всегда просто возит и забирает муж и дочка отлично идёт. А если муж в командировке и везу я, то малышка плачет сильно, вцепляется в меня, воспитатель прям отдирает её от меня. Хоть и ходим мы в сад уже 10 месяцев.
Она просто пытается манипулировать мной

Надо договориться с воспитателями, пусть попробуют не поднимать его, если он не плачет. Проснулся и пусть лежит.
Я воспитатель, у меня был мальчик который так вот мало спал, причём ходил давно. Я нашла способ, он просыпался, я ему давала конфетку/печеньку/мармеладку (мама специально приносила), маленькую машинку и он лежал тихонько играл и ел вкусняшку. А по другому начинал плакать или болтать громко, всех будил.
Надо просто по доброму попросить воспитателей поискать способ чем занять ребенка если он рано проснулся

Хотя с другой стороны, может пока ничего делать не надо. Ведь сейчас идёт адаптация, а он привыкнет к каким-нибудь манипуляциям в тихий час и потом когда уже всё будет хорошо, то он может требовать что бы его развлекали, давали вкусняшки, игрушки и т.д. Дети ведь такие манипуляторы.

Ещё как вариант, может давать ему с собой какую нибудь игрушку с дома, что бы он с ней спал. При этом надо что бы и дома эта игрушка была с ним в кроватке во время сна.