Препарат назначают при хронических и острых кишечных инфекциях вирусного или бактериального происхождения: энтероколите, сальмонеллезе, ротавирусной инфекции, шигеллезе; при пищевом отравлении; диарее различного происхождения; неспецифических хронических воспалительных заболеваниях пищеварительного тракта: панкреатите, колите, гастродуодените, проктосигмоидите. Есть положительные отзывы о Пробифоре, применяющемся при дисбактериозе и синдроме раздраженного кишечника. В инструкции Пробифора указано, что его можно использовать в педиатрии – для улучшения адаптации ослабленных новорожденных детей. Кроме этого, пробиотик Пробифор включают в комплексное лечение гриппа и ОРВИ, вторичного иммунодефицита, тяжелых гнойно-септических заболеваний, экземы, стрептодермии и атопического дерматита; назначают беременным женщинам, готовящимся к кесареву сечению