Совмещение лицами трудовой деятельности у работодателя и деятельности ИП не может быть основанием для исключения одного из деятельности для уплаты взносов на ОСМС. Таким образом, за Вас взносы на ОСМС должны уплачиваться отдельно как за работника от начисленного дохода и отдельно как от ИП.