В приложении есть обычно выбор досрочного полного или частичного погашения. В любой день, когда сумма появилась, делаете и все. Потом справку сформировать можно будет о том, что ипотека погашена. Если была закладная, за ней съездить.

Вы про частичное погашение? Если да, то гасить на следующий день после списания платежа и указывать уменьшение срока, а не платежа